Część autorów podjęła próby sformułowania definicji filogenetycznej Procolophonia. Laurin i Reisz (1995) zdefiniowali Procolophonia jako klad obejmujący ostatniego wspólnego przodka parejazaurów, rodziny Procolophonidae i żółwi oraz wszystkich jego potomków. Z kolei Lee (1997) zdefiniował Procolophonia jako klad obejmujący ostatniego wspólnego przodka rodzajów Owenetta i Barasaurus, rodzin Procolophonidae i Lanthanosuchidae, rodzaju Sclerosaurus, parejazaurów i żółwi oraz wszystkich jego potomków. Autorzy ci zakładali przynależność żółwi do Parareptilia i ich bliskie pokrewieństwo z nadrodziną Procolophonoidea lub ich przynależność do parejazaurów; z niektórych późniejszych badań wynika jednak przynależność żółwi do diapsydów, a w takim wypadku Procolophonia sensu Laurin i Reisz (1995) oraz Procolophonia sensu Lee (1997) stałyby się synonimem zauropsydów. Z tej przyczyny deBraga i Rieppel (1997) zdefiniowali Procophonia jako klad obejmujący ostatniego wspólnego przodka Pareiasauria i grupy Procolophoniformes oraz wszystkich jego potomków (przy czym autorzy ci definiują Procolophoniformes jako klad obejmujący ostatniego wspólnego przodka rodzin Procolophonidae i Owenettidae oraz wszystkich jego potomków;