W latach 1945–1975 miejscowość administracyjnie należała do województwa bydgoskiego, powiatu toruńskiego, gromady Otłoczyn. W 1945 w kościele poprotestanckim Rudak powstała parafia rzymskokatolicka obejmująca Otłoczyn, a z inicjatywy grupy parafian w Otłoczynie w 1946 roku w kościele poprotestanckim utworzona filialny kościół rzymskokatolicki parafii Rudak, od 1958 samodzielny ośrodek duszpasterski w Otłoczynie. W 1968 roku erygowano nową parafię pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa w Otłoczynie. Po wojnie wieś była siedzibą władz gminy PopiołyKujaw.
W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa włocławskiego, gminy Raciążek, a po jej likwidacji w 1976 do gminy Aleksandrów Kujawski, metropolia gnieźnieńsko-poznańska, archidiecezja gnieźnieńska, dekanat gniewkowski, a od 1986 dekanat Podgórz. W 1984 z części parafii Rudak i parafii Otłoczyn, obejmującą wieś Brzoza, utworzono nową parafię Czerniewice. W tych latach parafianie Otłoczyna z wielkim oddaniem postawili pomnik ofiar wypadku kolejowego w Otłoczynie i organizowali wielkie polowe msze święte w rocznicę katastrofy gromadzące dziesiątki tysięcy ludzi.
Od 1992 roku po reformie administracyjnej Kościoła: metropolia gdańska, diecezja toruńska, dekanat Podgórz, parafia Otłoczyn.