Nagroda Deschnera W 2004 roku z okazji 80 urodzin pisarza Karlheinza Deschnera, Fundacja ufundowała Nagrodę Deschnera. Od 2007 roku, od momentu wydania 9 tomu napisanej przez Deschnera Historii kryminalnej chrześcijaństwa, nagroda w wysokości 10 tys. euro ma być przyznawana co dwa lata osobom i organizacjom, które „w szczególny sposób przyczyniają się do umacniania świeckiego, naukowego i humanistycznego myślenia i postępowania”. Pierwszym laureatem tej nagrody został 12 października 2007 roku Richard Dawkins hpd, 28.05.2007. hpd, 15.10.2007.Richard Dawkins erhält Deschner-Preis Presseportal, 01.10.2007..
Odznaczenie Etyczne Nagroda Ethik-Preis der Giordano-Bruno-Stiftung, także w wysokości 10 tys. euro, przyznawana jest „za rozwój pozytywnych rozwiązań alternatywnych na rzecz humanizmu ewolucyjnego”. Po raz pierwszy przyznano ją 3 czerwca 2011 roku we Frankfurcie australijskiemu filozofowi Peterowi Singerowi oraz włoskiej filozof Paoli CavalieriFestakt zur Verleihung des Ethik-Preises | hpd.Wie man in Deutschland nicht mehr mundtot gemacht wird | Telepolis., obojgu za walkę o prawa zwierząt oraz powołanie do życia projektu Great Ape Project.
Organy Fundacji Organami Fundacji są Zarząd, Kuratorium oraz Rada Naukowa.