Okres II wojny światowej W czasie obrony Warszawy (wrzesień 1939) Melanowski pracował w Szpitalu Ujazdowskim (jako kierownik oddziału ocznego), a w latach okupacji brał udział w tajnym nauczaniu – wykładał optykę okulistyczną (1941–1942) i dzieje okulistyki (1941–1942) w tajnej Szkole Jana Zaorskiego i w Uniwersytecie Ziem Zachodnich – wykłady opracował korzystając z bibliotek Instytutu Oftalmicznego i PTO). W czasie powstania warszawskiego już 2 sierpnia otrzymał rozkaz ewakuacji chorych i personelu Instytutu do gmachu Muzeum Narodowego; wieczorem tego dnia Niemcy podpalili budynek (zob. też – Zbrodnie niemieckie na warszawskim Powiślu (1944)). We wrześniu ewakuował Instytut został do Milanówka, a następnie do Grodziska.
Lata po II wojnie światowej thumb|240px|Akomodacyjna korekta zeza W marcu 1945 Melanowski został wybrany na dyrektora Kliniki Ocznej UW i profesora nadzwyczajnego UW, gdzie pracował do emerytury (sierpień 1959). Od 29 listopada 1956 roku był profesorem zwyczajnym. Kontynuował badania naukowe, współpracując m.in.