Do roku 1472 prowadzili ją Ján Vitéz jako kanclerz oraz preszburski rektor Georg (Juraj) von Schönberg.
Początkowo nauczyciele akademiccy pochodzili z Uniwersytetu Wiedeńskiego, później zaś także z Włoch i Polski (Krakowa). W latach 1467–1471 na uniwersytecie pracował znany niemiecki matematyk, astrolog i astronom Johannes Müller von Königsberg (zwany Regiomontanusem). Później na Universitas Istropolitana wykładali także Polacy (Marcin z Olkusza, magister Piotr), Niemcy (Michael Schricker, Erazm z Rezna), Włosi (Galeotto Marzio), z terenów obecnej Słowacji pochodzili Wawrzyniec Koch z Krompach i Marcin ze Szczawnicy. Wykładał tam także wykształcony kanonik Ján Han z Weytry. Profesorowie korzystali z bogatej biblioteki preszburskiej kapituły, na co uzyskali zgodę Georga von Schönberg.
W roku 1472 Ján Vitéz został aresztowany pod zarzutem zorganizowania, wraz z Janusem Pannoniusem, antykrólewskiego spisku, który na tronie węgierskim miał osadzić polskiego króla Kazimierza IV Jagiellończyka. W związku z tym preszburską szkołę opuściło kilku dalszych nauczycieli.
Po zajęciu przez Macieja Korwina Wiednia (1485) i śmierci Georga von Schönberg (1486) nastąpił stopniowy upadek uniwersytetu.