W 1106 roku kościół włączono w obręb murów miejskich. Podczas ich budowy odkrywano kolejne groby, ze względu na duże znaczenie kultu relikwii zabierano szczątki domniemanych jedenastu tysięcy dziewic. W 1121 nabył tu relikwie Norbert z Xanten, a w latach 1145–1164 zakonnicy z opactwa w Deutz. W pierwszej ćwierci XII wieku wzniesiono nowy, romański korpus nawowy (zachowany do dziś) wraz z masywem zachodnim poświęconym przez arcybiskupa Brunona II w 1135 roku. Ówczesny kościół był trójnawową, sześcioprzęsłową bazyliką z emporami, krótkim transeptem, prezbiterium zamkniętym absydą oraz dwupoziomowym masywem zachodnim z wieżą na osi. Nakryta sklepieniem krzyżowym dolna kondygnacja mieściła kruchtę, powyżej znajdował się chór zakonnic (również nakryty podobnymi sklepieniami), z którego odchodziły przejścia zarówno do dawnych zabudowań klasztornych, jak i do empor powyżej naw bocznych.
Zabudowania klasztorne mieściły się na zachód od kościoła, skupione były wokół czworobocznego wirydarza otoczonego krużgankiem. Typ bazyliki emporowej upowszechnił się w architekturze sakralnej Kolonii, czego przykładem są kościoły św. Piotra (połowa XII w.) i NMP na Lyskirchen (około 1220/1230), nieistniejący kościół św. Jana Chrzciciela (ok. 1200) oraz zachowany fragmentarycznie kościół św. Kolumby (1457–63 i ok. 1500).