Organy Pierwsze wzmianki o organach w kościele św. Marka pochodzą z 1359 roku. Nie jest jednak wiadomo jak długo ten konkretny instrument pozostawał w świątyni.
Nowe organy autorstwa Ferdo Heferera zamontowano w roku 1890. Po 46. latach, na polecenie kompozytora i organisty Franjo Dugana, dokonano gruntownej modernizacji i zmiany dotychczasowego rozmieszczenia piszczałek. W opinii z 2010 roku – wydanej na prośbę Rady Dziedzictwa Narodowego – specjaliści uznali ingerencję z 1936 roku za tak głęboką, że można ją uznać za konstrukcję nowego instrumentu. W związku z pogarszającym się stanem organów, postanowiono przeprowadzić ich renowację, która jednak okazała się niemożliwa. Dlatego też zabytkowe piszczałki zdemontowano, a wykonanie nowych zlecono specjalistycznej pracowni Eisenbarth z Pasawy. Komplet prac kosztował 450 000 euro, które musiały być zebrane z ofiar parafian i dobroczyńców. Nowe organy powstawały osiem miesięcy. Zostały poświęcone i po raz pierwszy rozbrzmiały 8 maja 2011 roku. Trzy klawiatury ręczne obejmują zakres 61 dźwięków, zaś kolejne 30 tonów można osiągnąć przy użyciu pedałów.