Budowę kompleksu mogącego zapobiegać powodziom rozpoczęto w 1978 roku, od tego czasu stała się jedną z najdłużej powstających projektów budowlanych w Rosji. Przedłużająca się budowa i brak znacznych środków finansowych spowodowała wstrzymanie wszystkich prac w 1995 roku. Budowa została wznowiona w 2005 roku na skutek interwencji ówczesnego prezydenta Rosji, Władimira Putina, pochodzącego z Petersburga. Otwarcie inauguracyjne nastąpiło dniu 12 sierpnia 2011 roku, gdy wszystkie urządzenia znajdujące się w południowej części zapory zostały ukończone, wraz z odcinkiem najdłuższego podwodnego tunelu w Rosji, wchodzącego w skład obwodnicy Petersburga. Pierwsze oficjalne uruchomienie systemu, tzn. zamknięcie stalowych bram odbyło się 28 listopada 2011 roku w celu powstrzymania nadchodzącej fali sztormowej. Skutkami "zamknięcia" kompleksu był spadek wzrostu fali morskiej do 1,28 metra n.p.m., który jest poziomem dopuszczalnym, poniżej poziomu alarmowego równego 1,6 m n.p.m. Kompleks zapór przechodzi przez historyczne forty Północnego Kronsztadu, wpisane do rejestru Światowego Dziedzictwa UNESCO.