Działał w Międzynarodowej Unii Astronomicznej, był członkiem Royal Astronomical Society.
W dowód swoich zasług otrzymał cały szereg odznaczeń i nagród, m.in. Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski (1972), Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (1957), Medal Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości (1928), Medal za Długoletnią Służbę (1938), Medal 10-lecia Polski Ludowej (1954), Nagrodę Naukową miasta Poznania (1951), nagrodę Prezesa PAN (1953), nagrodę PAN za osiągnięcia naukowe (1958), specjalne podziękowanie Senatu (1934) i specjalne podziękowanie Zarządu PTPN (1958).
Niemal do ostatnich lat życia pozostawał aktywny naukowo, m.in. brał udział w przygotowaniach do jubileuszu kopernikańskiego w 1973 roku.
W sierpniu 1920 roku poślubił Zofię Reutt, z którą miał dwoje dzieci: Annę (ur. 1924) i Michała (1926–1969).
Został pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera I-7/8-17). mały|Grób prof. Józefa Witkowskiego i Zofii Reutt-Witkowskiej na Starych Powązkach Przypisy