Istnieje wiele wersji dotyczących pochodzenia Goemona. Według jednej z nich urodził się w 1558 jako Kuranoshin Sanada w rodzinie samurajów, będących poddanymi potężnego klanu Miyoshi w prowincji Iga. W 1573 jego ojciec miał zostać zabity przez ludzi sioguna Ashikaga (według niektórych wersji zabita została wówczas również jego matka). 15-letni Sanada poprzysiągł zemstę i zaczął trenować ninjutsu pod okiem mistrza Sandayū Momochi (Tanba Momochi). Musiał jednak uciekać, gdy mistrz odkrył jego romans z jedną ze służących.

Według innej wersji legendy, miał na imię Gorokizu, pochodził z prowincji Kawachi i nie był nukeninem (zbiegłym ninja). Przeniósł się później do sąsiedniej prowincji Kansai, gdzie posługując się nazwiskiem Goemon Ishikawa przewodził grabiącej okolice szajce bandytów. Rozbójnicy mieli napadać na bogaczy i wspierać lokalnych chłopów. Według jeszcze innej wersji tej historii, do zajęcia się rozbojami zmusiło go rozwiązanie jego szkoły ninja.

Bardzo sprzeczne są również przekazy dotyczące powodu jego egzekucji, która miała miejsce przy głównej bramie buddyjskiej świątyni Nanzen-ji w Kioto.