Wraz z dojściem do władzy nazistów i ideologicznym ujednoliceniem instytutów sztuki, odebrana została Baumeisterowi docentura. Marta Hoepffner przerwała studia i założyła w 1934 Werkstätte für künstlerische Fotoaufnahmen – warsztaty fotografii artystycznej. W tych latach tworzyła też collages, oraz pozostające pod wpływem surrealizmu fotomontaże. W 1937 uzyskała w drodze wyjątku zezwolenie (z pominięciem stopni ucznia i czeladnika) na przystąpienie do egzaminu mistrzowskiego. Powstały wówczas pierwsze jej fotogramy kolorowe wykonane metodą Herzoga (Duxochromverfahren). Były to fotohistorie dla czasopisma Das Illustrierte Blatt, oraz portrety m.in. żołnierzy i osób z życia publicznego. Dochody z tej twórczości zapewniały jej utrzymanie.
Przezornie przeniosła zbiory eksperymentów fotograficznych i wyposażenie atelier do Hofheimu w Taunusie, zanim w roku 1944 stało się ono ofiarą alianckiego bombardowania. Najcenniejsze negatywy miała zawsze przy sobie. W Hofheimie zdołała zorganizować prowizoryczne laboratorium i atelier i sprowadzić tam rodzinę. Bezpośrednio po wojnie zawiązała znajomości lub przyjaźnie m.in.