Kariera trenerska lewo|mały|João Saldanha, 1969. W 1957 mocno krytykował swój ulubiony klub – Botafogo. W jednym z artykułów zaproponował swoją osobę na stanowisko trenera Botafogo i mimo braku trenerskiego doświadczenia, ku zdziwieniu wszystkich został trenerem Botafogo. Jeszcze większym zdziwieniem było wywalczenie przez klub mistrzostwa stanu Rio de Janeiro – Campeonato Carioca w 1957. Botafogo trenował przez 3 lata i odszedł w proteście przeciwko sprzedaży Didiego i Paulo Valentima. Po odejściu Saldanha ponownie zajął się dziennikarstwem.
W 1969 powrócił do pracy trenerskiej i został selekcjonerem reprezentacji Brazylii. W roli selekcjonera zadebiutował 7 kwietnia 1969 w wygranym 2-1 meczu z Peru. W tym samym roku w cuglach wygrał eliminacje Mistrzostw Świata 1970. Brazylia wygrała wszystkie 6 meczów, przy bilansie bramkowym 23-2. Drużynę nazwano Predatorami Saldanhi. Saldanha będąc członkiem Partii Komunistycznej krytykował pro-faszystowski reżim wojskowy rządzący wówczas Brazylią. Innym problemem był konflikt Saldanhi z Pelé. Wobec tego prezydent Brazylijskiej Federacji Piłkarskiej – João Havelange 17 marca 1970 zwolnił João Saldanhie ze stanowiska selekcjonera. Bilans jego kadencji to: 14 zwycięstw, remis i 2 porażki, przy bilansie bramkowym 54:15.