Motocyklowe Grand Prix Japonii 2006 – piętnasta eliminacja Motocyklowych Mistrzostw Świata, rozegrana 22 – 24 września 2006. W 2006 roku Grand Prix Japonii odbyło się na torze Twin Ring Motegi w Motegi.
Wyniki MotoGP Pozycja Motocyklista Motocykl Czas / Strata Start Punkty 1 Loris Capirossi Ducati 43:13.585 1 25 2 Valentino Rossi Yamaha +5.088 2 20 3 Marco Melandri Honda +8.378 3 16 4 Sete Gibernau Ducati +9.712 5 13 5 Nicky Hayden Honda +11.944 7 11 6 Toni Elías Honda +18.108 6 10 7 Dani Pedrosa Honda +19.937 9 9 8 Colin Edwards Yamaha +22.492 10 8 9 Kenny Roberts Jr. KR211V +26.824 14 7 10 Makoto Tamada Honda +30.970 18 6 11 Chris Vermeulen Suzuki +39.263 15 5 12 John Hopkins Suzuki +39.440 13 4 13 Kousuke Akiyoshi Suzuki +45.595 12 3 14 Carlos Checa Yamaha +49.571 17 2 15 James Ellison Yamaha +1:09.085 19 1 16 Alex Hofmann Ducati +1:11.748 20 NS Shinya Nakano Kawasaki wypadek 4 NS Casey Stoner Honda wypadek 11 NS Randy de Puniet Kawasaki wypadek 8 NS Naoki Matsudo Kawasaki 16 NS José Luis Cardoso Ducati wypadek 21 Źródło: