Autonomia uniwersytetów – szczególnie rozumiana autonomia odnoszona do szkół wyższych, która sprowadza się do stanowienia rozległych uprawnień statutowych o charakterze samorządowymDominik Antonowicz, Uniwersytet przyszłości. Wyzwania i modele polityki, Warszawa 2005..
Podstawy autonomii uniwersytetów, zarówno te ideowe, jak i organizacyjne, zostały sformułowane w dobie Oświecenia, aczkolwiek idea autonomii sięga początków uniwersytetów średniowiecznych (w 1158 Fryderyk I Barbarossa wydał dokument Authentica habita, w którym przyznawał uniwersytetom wiele praw, m.in. wyłączenie studentów spod jurysdykcji miejskiej). Uniwersytet autonomiczny dojrzałą postać przybrał w XIX w.Jan Boguski, Od uniwersytetu tradycyjnego do uniwersytetu przyszłości, „Nauka i Szkolnictwo Wyższe”, nr 1/33/2009. Autonomia uniwersytetów czerpie najwięcej z tradycji Uniwersytetu Humboldtów, zgodnie z którą państwo nie powinno ingerować w wewnętrzne sprawy uczelni i jest fundamentalną zasadą współczesnego społeczeństwa zapisaną w Magna Charta Universitatum.
Autonomia uniwersytetu początkowo odnosiła się jedynie do pewnych organów uczelni lub tylko do profesorów.