Ostatnią zmianą było utworzenie w 2003 roku Katedry Etnologii, która, po poszerzeniu działalności w 2007 roku przekształciła się w Katedrę Etnologii i Antropologii Kulturowej. W latach 2001–2008 wydział prowadził również misję zagraniczną przy Instytucie Historycznym Maxa Plancka w Getyndze. Od 2009 roku wydział posiada przedstawicielstwo przy Polskiej Misji Historycznej przy Uniwersytecie Juliusza Maksymiliana w Würzburgu. Pierwszym dziekanem Wydziału Nauk Historycznych został prof. dr hab. Janusz Małłek. Obecnie jednostką kieruje prof. dr hab. Waldemar Rozynkowski.
Od 1 października 2019 w związku z reorganizacją Uniwersytetu na podstawie nowego statutu z Wydziału Nauk Historycznych zostały oddzielone Instytut Informacji Naukowej i Bibliologi, który stał się częścią Wydziału Filozofii i Nauk Społecznych (były Wydział Humanistyczny), Katedra Historii Sztuki przeszła na Wydział Sztuk Pięknych, a Katedra Etnologii i Antropologii Kulturowej na Wydział Humanistyczny (były Wydział Filologiczny).
Poczet dziekanów prof. dr hab. Janusz Małłek (1993-1999) prof. dr hab. Andrzej Radzimiński (1999-2002) prof. dr hab. Waldemar Rezmer (2002-2008) prof. dr hab. Jacek Gzella (2008-2016) prof. dr hab. Stanisław Roszak (2016–2024) prof. dr hab.