Akademia przestała funkcjonować po wybuchu powstania listopadowego i wiążącej się z nim konfiskaty Smorgonii przez Rosjan.

Pomimo upadku Akademii smorgońskiej jej popularność i sława w XIX stuleciu utrzymywały się, a nawet rosły. Niemiecka encyklopedia opublikowana w 1840 wymienia miejscowość Smorgonie jako ośrodek tresury niedźwiedzi. Artykuł o Akademii pojawił się także w 1865 w paryskim czasopiśmie „Le Monde ilustré”.

W okresie międzywojennym jedna z wileńskich grup artystycznych, działająca od 1932 do 1934, przyjęła korespondującą z legendą ośrodka nazwę „Smorgonia”. Należał do niej m.in. Konstanty Ildefons Gałczyński. Już w XVIII wieku w związku z legendą Akademii zaistniały w polszczyźnie żartobliwe, deprecjonujące określenia, takie jak „gagatek smorgoński” i „akademik smorgoński”.

Akademia smorgońska, choć najsławniejsza, nie była jedynym ośrodkiem niedźwiedników na ziemiach litewskich. Podobne hodowle znajdowały się m.in. w Kiejdanach na terenie dzisiejszej Litwy oraz w Romanowie i Siermieżewie. Ród Czartoryskich posiadał w XVIII stuleciu swój własny ośrodek niedźwiednictwa w Klewaniu na terenie dzisiejszej Ukrainy.