Nelson wymaga od myśli filozoficznej rygorystycznej naukowej wiarygodności i konsekwentnej realizacji przekonań we własnej praktyce i polityce.
W rozprawie Die Unmöglichkeit der Erkenntnistheorie Nelson (1911) reprezentuje pogląd, że naukowa epistemologia nie jest możliwa, ponieważ nie da się uzasadnić naukowo obiektywnej ważności poznania bez założenia tego rodzaju ważności.
W swoim słynnym wykładzie Die sokratische Methode z 1922 roku Nelson postuluje zmodyfikowaną metodę sokratejską w nauczaniu filozofii również jako sposób na ożywienie badań filozoficznych. Swoje stanowisko określa jako „neosokratyczne”.
Nelson przypisuje etyce filozoficznej ważną rolę do odegrania w przemianie obyczajowości. W centrum jego rozważań znajdowało się pojęcie interesu. Zgodnie z jego zasadą godności osobistej każde stworzenie, które może odczuwać przyjemność i ból, przysługuje prawo do poszanowania jej interesówLeonard Nelson: Vorlesungen über die Grundlagen der Ethik. Zweiter Band. System der philosophischen Ethik und Pädagogik. Göttingen-Hamburg: Verlag Öffentl. Leben, 1949. s. 10..
Nelson uważał się za etycznego, antyklerykalnego i niemarksistowskiego socjalistę.