Sezon później wystartował w Formule 3 Euroseries. Czech w żadnym z wyścigów nie zdobył jednak punktów i zajął ostatnią pozycję w generalnej klasyfikacji. Najwyżej sklasyfikowany został w sobotnich zmaganiach, na torze Spa-Francorchamps oraz Hockenheimring, gdzie znalazł się na jedenastym miejscu. Pod koniec roku Salaquarda wystartował również w prestiżowym wyścigu o Grand Prix Makau (w zespole HBR Motorsport), jednak nie dojechał do mety.
W roku 2006 Czech ponownie wziął udział w pełnym sezonie europejskiej F3. I tym razem jednak nie był w stanie zapunktować. Najbliżej celu był podczas sprintu na torze Nürburgring, gdzie uplasował się na siódmej lokacie. Po raz kolejny odnotował start w prestiżowym weekendzie – tym razem w Masters of Formuła 3. Zmagania w nim zakończył jednak na odległej 27. pozycji.
W sezonie 2007 Filip postanowił nawiązać współpracę z ekipą HBR. Czech okazał się najlepszym z zawodników austriackiego zespołu, będąc jedynym, który zdobył punkty. Sukcesu dokonał w sobotniej rywalizacji na torze Nürburgring oraz Circuit de Catalunya, gdzie dojechał odpowiednio na piątym i dziewiątym miejscu, a cały sezon zakończył na 17. lokacie. W drugim podejściu do zmagań Masters of Formuła 3 także spisał się lepiej, będąc sklasyfikowanym na 16.