Formuła Renault 3.5 W roku 2009 Filip zadebiutował w Formule Renault 3.5, na ulicznym torze w Monte Carlo. W zespole RC Motorsport Czech dojechał na ostatniej pozycji. W pozostałej części sezonu, Salaquarda reprezentował inną włoską ekipę, Prema Powerteam, w której zastąpił Monakijczyka Stefano Colettiego. Wystąpiwszy w dwunastu wyścigach, zdobył zaledwie jeden punkt, za dziesiątą pozycję w pierwszym starcie, na portugalskim torze w Algarve. W końcowej klasyfikacji uplasował się na 27. lokacie.
W sezonie 2010 Salaquarda został jednym z zawodników ekipy swojego ojca, który wystawił swój zespół o nazwie ISR Racing. Czech siedmiokrotnie sięgał po punkty, w tym dwukrotnie na najniższym stopniu podium (na Masaryk Circuit oraz Magny-Cours). Największym sukcesem Filipa był start z pole position w obu wyścigach na swoim rodzimym torze, w Brnie. Jego wyniki zostały jednak przyćmione przez zespołowego partnera, Argentyńczyka Estebana Guerrieri, który rywalizował o tytuł mistrzowski. Ostatecznie Czech sklasyfikowany został na 11. miejscu, w stosunku do trzeciej Guerrieri'ego.