W cerkwi w Małkowie w momencie zamknięcia pozostał komplet utensyliów liturgicznych. W 1925 proboszcz parafii szychowickiej ubiegał się o ich przejęcie, jednak nie wyraził na to zgody metropolita warszawski i całej Polski Dionizy, który obawiał się, że pozbawiona wyposażenia cerkiew zostanie przeznaczona do rozbiórki.
Po tym, gdy w ramach akcji polonizacyjno-rewindykacyjnejWpisującej się w szerszą politykę ograniczania liczby cerkwi w II RP. 8 czerwca 1938 zniszczona została cerkiew Przemienienia Pańskiego w Kryłowie, a w dniach następnych kolejne cerkwie w gminie Kryłów, mieszkańcy Małkowa zaczęli wystawiać w pobliżu zamkniętej cerkwi straże, które miały zaalarmować wszystkich parafian w razie przybycia ekipy rozbiórkowej. 14 lipca 1938 do Małkowa przybyli robotnicy wynajęci do rozbiórki cerkwi, eskortowani przez czterdziestoosobową grupę policjantów. Gdy policjanci zaczęli rozpędzać zgromadzonych mieszkańców wsi, ci obrzucili ich kamieniami, raniąc kilku funkcjonariuszy i niszcząc policyjny samochód. Ostatecznie jednak policja rozpędziła zebranych.