Wnętrze budynku na przestrzeni lat było regularnie modernizowane i dostosowywane do wymagań czasu. W 1938 Sandberg usunął dotychczasowy wystrój pokrywając ściany tynkiem. Modernizację kontynuował po 1945. W latach 50. powstały m.in. audytorium, restauracja, biblioteka, czytelnia i sklep muzealny. W 1954 dobudowano nowe skrzydło. Powierzchnia wystawiennicza wzrosła z 4 550 m² w 1945 do 6 090 m² w 1954, a liczba odwiedzających w tym czasie podwoiła się, ze 100 000 do 200 000 rocznie. Obecnie liczba ta wynosi około 400000. W 2006 podjęto w muzeum prace renowacyjne. W latach 2010–2011 muzeum czasowo otwierano, organizując w nim wystawy czasowe. W październiku 2011 z powodu przedłużających się prac renowacyjnych muzeum zamknięto. Ponowne otwarcie przewidziano na rok 2012.
Kolekcja thumb|Jedna z nowoczesnych sal wystawowych Stedelijk Museum Stedelijk Museum otwarto w 1895. Początkowo eksponowano w nim dziedzictwo ekscentrycznej Zofii Augusta de Bruyn: różnorodną kolekcję antyków, monet, biżuterii, zegarków, wyrobów ze srebra i innych. W tym samym roku z Rijksmuseum do Stedelijk przeniesiono kolekcję Vereeniging tot het Vormen van een Openbare Verzameling van Hedendaagsche Kunst (Stowarzyszenie na rzecz Utworzenia Publicznej Kolekcji Sztuki Współczesnej).