Polska powiadomiła Komisję Europejską o publicznym dokapitalizowaniu przez władze gmin Gdyni i Kosakowa firmy odpowiedzialnej za budowę i prowadzenie portu Gdynia-Kosakowo kwotą o równowartości 52 mln euro.
Mając na względzie pojawiające się zarzuty o potencjalny niekorzystny wpływ lotniska na ruch w porcie lotniczym w Gdańsku, 28 czerwca 2013 prezydent Gdyni zaproponował zawarcie umowy, na mocy której Port Lotniczy Gdańsk sp. z o.o. pełniłby funkcję podmiotu zarządzającego lotniskiem gdyńskim oraz operującego na infrastrukturze portu lotniczego Gdynia-Kosakowo.
2 lipca 2013 Komisja Europejska ogłosiła, że wszczęła postępowanie wyjaśniające w sprawie finansowania budowy lotniska cywilnego w Gdyni. W szczególności wątpliwości KE wzbudziły zawarte w biznesplanie szacunki dotyczące wielkości ruchu lotniczego oraz przychodów w sytuacji, w której położony nieopodal port lotniczy w Gdańsku nie jest przeciążony (2012 – 2,9 mln osób przy przepustowości 5 mln) i oferuje niższe opłaty lotniskowe niż te przewidziane dla portu Gdynia-Kosakowo.