Kościół jest zbudowany na klasycznym planie bazylikowym z nawą główną i nawami bocznymi i apsydą. Sufit bazyliki jest rzeźbiony, z reliefem św. Pankracego pośrodku, herbem papieża Pawła V i rodziny Torres oraz głowami puttów.
Koncha apsydy udekorowana jest freskiem Luigiego Ciotti z 1959 roku, przedstawiającym Chrystusa w majestacie ze św. Pankracym i innymi świętymi.
Baldachim nad ołtarzem głównym wzniesiono w 1959 roku z wykorzystaniem wcześniejszych materiałów. Wspierają go cztery porfirowe kolumny ze złoconymi kapitelami, stojące na cokołach z szarego marmuru. Pierwotny zestaw czterech dawnych kolumn został splądrowany przez Francuzów w 1798 roku, zostały one odzyskane po przywróceniu rządu papieskiego w 1815 roku, jednak prawdopodobnie tylko tylna para jest oryginalna.
Pod ołtarzem znajduje się porfirowy sarkofag, który zawierał relikwie św. Pankracego zanim zostały zniszczone Nogi sarkofagu mają kształt lwich łap, zdobiony jest złoconym brązem, znajdują się na nim gałęzie palmowe symbolizujące męczeństwo św. Pankracego oraz symbol Chi Rho.