Kariera trenerska Pracę szkoleniową rozpoczął dość niespodziewanie. Ararat Erywań opuścił trener Wiktor Masłow, a on jako najbardziej doświadczony piłkarz w zespole (33 lata) objął stanowisko trenerskie. Po udanym debiucie jednak odszedł z Ararata i rozpoczął szkolenie dzieci w krajowej szkole Ormiańskiej SRR. W 1979 roku udał się do Algierii, aby wykładać w tamtejszym Instytucie Nauki i Sportu. Po powrocie do ojczyzny, ponownie przystąpił do pracy w Araracie jako asystent trenera Nikity Simoniana. Przed upadkiem Związku Radzieckiego pomagał trenować juniorską reprezentację ZSRR. Potem pracował z ormiańskimi zespołami Malatia Erywań i Erebuni Erywań. Przez pewien czas bez sukcesów prowadził reprezentację Armenii. W okresie od 1995 do 1999 pracował w Libanie, gdzie trenował Homenmen Bejrut, z którym został wicemistrzem i zdobywcą Pucharu Libanu. W latach 2001–2002 pełnił funkcje wiceprezesa w klubie Mika Asztarak. W 2008 objął stanowisko głównego trenera klubu Kilikia Erywań. Od momentu przyjścia Markarowa zespół poprawił swoje wyniki, jednak pozostał na ostatnim miejscu. Pod koniec roku Makarow dobrowolnie zrezygnował z dalszego prowadzenia zespołu i przeniósł się na stanowisko trenera-konsultanta klubu. Od roku 2010 pracował na stanowisku wiceprezesa i dyrektora szkoły piłkarskiej klubu Mika Erywań.