Po powrocie do Palestyny, Etan zajął się tworzeniem podwalin struktur izraelskiej dyplomacji, i pod koniec stycznia 1948 przedstawił projekt organizacji Ministerstwa Spraw Zagranicznych Izraela. W dniu 11 marca 1948 Arabowie zdetonowali samochód-pułapkę przed budynkami Agencji Żydowskiej w Jerozolimie. W zamachu tym Etan został lekko ranny w głowę. Po ogłoszeniu 14 maja 1948 Deklaracji niepodległości Izraela, Etan został wezwany przez ministra spraw zagranicznych Moszego Szareta z Jerozolimy do Tel Awiwu. Został mianowany pierwszym dyrektorem Ministerstwa Spraw Zagranicznych Izraela. Etan kształtował charakter izraelskiej dyplomacji. W 1949 stał na czele izraelskiej delegacji negocjującej Porozumienia z Rodos, a następnie na Konferencji Lausanne. Następne lata były niezwykle trudne dla izraelskiej dyplomacji. Od 1952 Etan prowadził tajne rozmowy w sprawie wypłaty odszkodowań przez Niemcy, a w 1956 doszło do kryzysu sueskiego. W 1960 udał się misją dyplomatyczną do Francji, gdzie przez dziesięć lat pełnił funkcję ambasadora. Równocześnie prowadził swoją pracę naukową, publikując kilka książek.