Jednakże na skutek wyczerpania i odcięcia wojsk moskiewskich w Inflantach, car Iwan IV zaproponował zawarcie pokoju. Przy mediacji dyplomaty watykańskiego Antonia Possevina, wojna zakończyła się w styczniu 1582 podpisaniem rozejmu w Jamie Zapolskim, w wyniku którego Rzeczpospolita odzyskała prawie całe Inflanty i Połock, a wojska Iwana IV zmuszone były do opuszczenia terytorium Inflant. Plany Iwana IV zdobycia przez Rosję dostępu do Bałtyku, czyli Europy, legły w gruzach. Skutecznie opóźniło to proces wzrostu hegemonii państwa rosyjskiego w regionie o prawie sto lat.
Inflanty thumb|Złoty portugał ryski Stefana Batorego z 1586 r. Po wygranej wojnie Batory przystąpił do porządkowania administracji w odzyskanych Inflantach.
W 1583 r. na sejmiku w Kiesi komisarz generalny Stanisław Pękosławski ogłosił nadaną im przez władcę konstytucję Inflant. Namiestnictwo w tej prowincji król złożył w ręce biskupa wileńskiego Jerzego Radziwiłła.
Z inicjatywy monarchy erygowano także nowe biskupstwo wendeńskie.
Ozylię i inne wyspy w Zatoce Ryskiej Polska odstąpiła Danii w układzie kronberskim z w 1583 r.