W połowie 1962 roku marynarka zamówiła pierwsze 69 samolotów seryjnych. 18 września 1962 roku w ramach wprowadzonej przez Departament Obrony standaryzacji oznaczeń, A2F-1 Intruder został oznaczony symbolem A-6, a pierwsza wersja seryjna – A-6A. Pierwsze samoloty weszły do służby w lutym 1963 roku. Stał się główną maszyną szturmową Marynarki Wojennej i Piechoty Morskiej. W Siłach Powietrznych Stanów Zjednoczonych tę samą rolę pełniły samoloty F-105 Thunderchief, a później General Dynamics F-111, który tak jak Intruder stał się bazą do budowy samolotu walki elektronicznej.
Wersje samolotu A-6 Intruder YA2F-1 (YA-6A) Oznaczenie nadane ośmiu prototypom i samolotom serii informacyjnej używanym jako wersje rozwojowe A-6A Intruder.
A-6A Pierwsza wersja Intrudera wyposażona w zaawansowany zintegrowany system nawigacji i kierowania ogniem DIANE (Digital Integrated Attack/Navigation Equipment) przeznaczony do bombardowania celów z wysoką efektywnością w każdych warunkach pogodowych i w nocy. System DIANE zawierał zestaw radarów: przeszukujący Norden AN/APQ-92, naprowadzający AN/APQ-112, radiowysokościomierz AN/APN-141, radar dopplerowski do określania pozycji AN/APN-153, oraz bezwładnościowy system nawigacyjny AN/ASN-31 (INS).