Ponadto Intrudery zostały wyposażone w AMTI (Airborne Moving Target Indicator) powietrzny wskaźnik celów ruchomych, który umożliwiał namierzenie i zaatakowanie poruszających się po ziemi celów będących w ruchu. Możliwe było również atakowanie celów niewidocznych na radarze po wprowadzeniu ich koordynat do komputera pokładowego.
Pod koniec lat 90. pozostające jeszcze w służbie egzemplarze wyposażono w możliwość używania najnowocześniejszego uzbrojenia służącego do precyzyjnego atakowania celów takiego jak pociski rakietowe AGM-65 Maverick, AGM-84 Harpoon, AGM-84E SLAM i przeciwradarowy AGM-88 HARM. Po serii problemów ze skrzydłami powstałymi na skutek zmęczenia materiału w 85% maszyn wymieniono płaty na kompozytowe zbudowane z tytanu, aluminium i włókien węglowych.
Ogólnie zbudowano 445 egzemplarzy A-6E, z których około 240 zostało zmodernizowanymi maszynami wcześniejszych wersji A-6A/B/C.