Systematyka Analizy kladystyczne przeprowadzone przez Hollidaya i Gardnera potwierdzają bliskie pokrewieństwo Aegisuchus i Aegyptosuchus wewnątrz kladu Aegyptosuchidae. Grupa ta według analiz należy do zaawansowanych przedstawicieli Eusuchia i stanowi takson siostrzany dla Crocodylia. Ponadto u Aegyptosuchidae występują pewne cechy zaawansowane obecne u niektórych przedstawicieli Crocodylia. Analizy nie potwierdziły natomiast bliskiego pokrewieństwa Aegyptosuchidae z inną grupą płaskogłowych krokodylomorfów – Stomatosuchidae (w analizach reprezentowana przez rodzaj Laganosuchus), które na kladogramach zajmowały bardziej bazalną pozycję wewnątrz Neosuchia. Autorzy nie wykluczyli jednak bliskiego pokrewieństwa tych dwóch grup, zwłaszcza że większość materiału kopalnego Aegyptosuchus i cały materiał Stomatosuchus zostały zniszczone podczas II wojny światowej.
Paleoekologia Skamieniałość Aegisuchus pochodzi z datowanych na cenoman osadów formacji Kem Kem w Maroku, w których odkryto również szczątki wielu innych kręgowców, takich jak ryby mięśniopłetwe, żółwie, plezjozaury, węże, jaszczurki z grupy Varanoidea, pterozaury oraz zauropody i teropody. Ekosystemy tamtych terenów obejmują obszary kontynentalne i delt słodkowodnych.