W marcu 2017, po 29 latach sprawowania funkcji prezydenta afrykańskiej konfederacji, przegrał wybory na kolejną kadencję z Ahmadem Ahmadem z MadagaskaruMadagascar FA chief Ahmad elected as new Caf president, bbc.com (dostęp: 6 marca 2018)..
Oskarżenia o korupcję W listopadzie 2010 Andrew Jennings, dziennikarz BBC, oskarżył go o to, że w latach 90. brał udział w ustawianym przetargu, dotyczącym sprzedaży praw do transmisji telewizyjnych z mistrzostw świata firmie marketingowej ISLAfrykaGola.pl – Kłopoty prezydenta CAF. Hayatou nie przyznał się do winy i oświadczył, że pieniądze zasiliły nie jego konto, lecz budżet CAF.
W maju 2011 gazeta „The Sunday Times” oświadczyła, iż trzej działacze FIFA: Nicolas Leoz, Issa Hayatou i Ricardo Teixeira wzięli łapówki, w zamian za oddanie głosów na kandydaturę Kataru w przyznaniu organizacji MŚ w 2022BBC News – Three Fifa World Cup Officials Took Bribes. Hayatou zaprzeczył oskarżeniom, twierdząc, że Katarczycy, za 1,8 mln dolarów, zorganizowali pokaz swojej kandydatury na zjeździe Afrykańskiej Konfederacji Piłkarskiej w LuandzieCAF President denies New Accusations of Corruption by the Sunday Times – Football News – CAF.