Pierwsze instrumentarium stanowiły używane fortepiany oraz inne instrumenty muzyczne przydzielone szkole przez Komisję Specjalną do Spraw Instrumentów Poniemieckich oraz Okręgowy Urząd Likwidacyjny, działające w Gdańsku.
Rok 1950 przyniósł kolejną reorganizację polskiego szkolnictwa muzycznego, dzieląc szkoły na zawodowe i przysposobienia zawodowego. Z tego powodu Miejska Średnia Szkoła Muzyczna uzyskała status placówki kształcenia zawodowego pod nazwą Państwowej Średniej Szkoły Muzycznej w Gdańsku-Wrzeszczu z 5 letnim cyklem nauki na wydziale instrumentalnym i 4-letnim – na wydziale wokalnym. W 1953 roku, gdy funkcję dyrektora szkoły objął Oskar Rupel, w jej skład weszła szkoła muzyczna działająca w gdyńskiej dzielnicy Orłowo. Placówka ta funkcjonowała na podobnych zasadach co gdańska, więc jej uczniowie mogli bez większych trudności organizacyjnych kontynuować naukę w nowej szkole.