W półfinale AFC (19 stycznia 2002) jego touchdown na kilka minut przed końcem 4. kwarty oraz bezbłędna gra w dogrywce (8 celnych podań na 8 podjętych prób) pomogły Patriotom zwyciężyć Oakland Raiders 16-13. W wygranym 24-17 finałowym meczu AFC przeciwko Pittsburgh Steelers (27 stycznia) doznał pod koniec pierwszej połowy kontuzji lewego kolana i został przy stanie 7-3 dla New England zastąpiony przez Bledsoe'a. Mimo że jego udział w najważniejszym meczu sezonu stał początkowo pod znakiem zapytania, wystąpił w Super Bowl XXXVI (3 lutego), uznano go MVP zawodów, a New England pokonali St. Louis Rams 20-17, zdobywając swój pierwszy tytuł mistrzów NFL.
Sezon 2002 Kolejny rok nie był dla Brady’ego tak udany, jak poprzedni, głównie z powodu kontuzji ramienia, która w drugiej części sezonu uniemożliwiła mu grę na optymalnym poziomie. Patriots wygrali tylko 9 meczów i nie zakwalifikowali się do play-offów. Zagrał we wszystkich meczach, zdobył 3764 jardy (6. wynik w lidze), miał 28 podań zakończonych touchdownem (lider ligi), ale też 14 podań przechwyconych przez przeciwników (najwięcej w karierze) oraz najniższy w karierze wskaźnik w rankingu podających (85,7).