Góry Mackenzie stanowią naturalną, a zarazem administracyjną granicę między kanadyjskimi Terytoriami Północno-Zachodnimi i Terytorium Yukon. W rezultacie 61% powierzchni gór leży na obszarze Terytoriów Północno-Zachodnich, 35% na obszarze Terytorium Yukon, a pozostałe 4% na obszarze prowincji Kolumbia Brytyjska.
Geologia i geomorfologia Budowa geologiczna Gór Mackenzie jest dość złożona. Wschodni skraj gór zawiera elementy starych skał pochodzących z końca proterozoiku. Według niektórych źródeł pochodzą one z laurentyjskiej tarczy krystalicznej. Występują też formacje wieku paleozoicznego. Są to osady typu węglanowego, a także skały okruchowe, takie jak piaskowce i zlepieńce. Większa część obszaru zbudowana jest ze sfałdowanych osadowych utworów jurajskich, przeważnie węglanowych. Na zachodnim skraju występują też utwory kredowe. Osady mezozoiczne i paleozoiczne zostały sfałdowane w fazie kimeryjskiej oraz laramijskiej orogenezy alpejskiej, a następnie wydźwignięte razem z całym systemem Gór Skalistych.