Kościół posiadał niegdyś wartościowe, barokowe wyposażenie, które jednak w dużej mierze przepadło podczas II wojny światowej. Przyległą plebanię wybudował w 1717 roku architekt miejski Claus Stallknecht.
Czasy kardynała Louisa-Josepha de Montmorency-Lavala thumb|left|180px|Kardynał Louis-Joseph de Montmorency-Laval Od 1796 roku aż do śmierci w 1808 roku sprawował posługę duszpasterską w kościele św. Józefa francuski kardynał, książę-biskup diecezji Metz Louis-Joseph de Montmorency-Laval (1725–1808), żyjący po 1791 na wygnaniu w krajach niemieckich.
O jego życiu w Altonie niewiele wiadomo. Kiedy tam przybył, miał ok. 72 lat. Zapamiętano go, jak chodził ulicami miasta w czerwonym płaszczu rozdając czasem dzieciom pieniądze. Przy ołtarzu często usługiwał mu niejaki Aloys Kleyser, który prowadził noclegownię i tawernę na Grosse Freiheit, w pobliżu kościoła św. Józefa. Kardynał do pomocy miał gosposię i zakonnicę ze Zgromadzenia Sióstr Miłosierdzia;