Odbudowa kościoła, pod kierunkiem Georga Wellhausena, miała miejsce w latach 1953–1955. Odrestaurowano wówczas fasadę i cały kościół dając jego wnętrzu nowoczesny wygląd. 11 grudnia 1955 biskup Johannes von Rudloff uroczyście konsekrował kościół. Na początku lat. 70 podjęto decyzję o rebarokizacji wnętrza mając na celu przywrócenie jego pierwotnego, paradnego stanu. Prace przeprowadzono w latach 1976–1978 pod nadzorem architekta Jörna Rau. Obecnie we wnętrzu dominuje wielki ołtarz główny, który razem z oboma ołtarzami bocznymi i delikatnymi kolorami ścian nawiązuje do pierwotnego wyglądu kościoła.
Polska Misja Katolicka w Hamburgu Przy kościele św. Józefa działa Polska Misja Katolicka. Została ona utworzona w roku 1976. Biskup ordynariusz diecezji Osnabrück, Helmut Wittler dekretem z dnia 4 sierpnia 1977 roku ustalił status prawny polskiej placówki w Hamburgu, erygując tzw. misję duszpasterską dla wiernych języka polskiego, zacieśniając jednocześnie jej terytorium do obszaru Hamburga, leżącego w obrębie diecezji Osnabrück (część prawobrzeżna Łaby).