Na przełomie lipca i sierpnia 2013 odbyły się wybory prezydenckie. Pierwszą turę przeprowadzoną zgodnie z planem 28 lipca 2013 wygrał były premier Ibrahim Boubacar Keïta, który uzyskał 39,23%. Do drugiej tury wszedł również były minister finansów Soumaïla Cissé (19,44%). Frekwencja wyborcza wyniosła 51,54%. Druga tura mimo ulew odbyła się 11 sierpnia 2013. Zdecydowane zwycięstwo odniósł Keïta uzyskując 77,61%. Frekwencja w drugiej turze wyniosła 45,78%. Cissé uznał swoją przegraną, z kolei Keïta został zaprzysiężony na stanowisku prezydenta 4 września 2013.
Mimo iż francuski prezydent François Hollande ogłosił 19 września 2013 zwycięstwo w wojnie z terroryzmem, konflikt nie dobiegł końca. Dżihadyści prowadzili w dalszym ciągu działania partyzanckie, które doprowadziły 2 listopada 2013 do mordu na dwóch francuskich dziennikarzach pod Kidalem. W wyniku tego siły francuskie podjęły kolejne działania prewencyjne wobec zagrożenia wynikającego ze strony terrorystów. Na domiar złego, 29 listopada 2013 tuarescy separatyści ogłosili zakończenie zawieszenia broni, trwającego od czerwcowego porozumienia z Wagadugu.