Inspektoratem kierowali kolejno: SS-Standartenführer Alexander von Woedtke (10–24 września 1939), SS-Obersturmführer Karl-Heinz Paulsen (od 25 września do pierwszych dni listopada 1939) oraz SS-Hauptsturmführer Wilhelm Wardemann. Na czele powiatowych struktur Selbstschutzu w Brodnicy stanął natomiast pochodzący z Jabłonowa SS-Untersturmführer Kurt Kortas.
Od pierwszych dni okupacji Niemcy stosowali brutalny terror wobec ludności Brodnicy. Już 10 września 1939 na strzelnicy wojskowej w brodnickim lasku miejskim żołnierze Wehrmachtu rozstrzelali jedną osobę. Kolejne egzekucje miały tam miejsce w dniach 16 września (dwie ofiary) oraz 18 października (trzy ofiary). Jesienią 1939 miały miejsce pierwsze („dzikie”) wysiedlenia Polaków. Okupacyjne władze rychło przystąpiły także do zacierania wszelkich śladów polskości. Jesienią 1939 usunięto pomnik wzniesiony ku czci żołnierzy brodnickiego 67. pułku piechoty oraz zdewastowano kapliczkę poświęconą żołnierzom poległym podczas wojny polsko-bolszewickiej. W tym samym czasie spalono również liczący blisko 600 tomów zbiór biblioteki kolejowej im. „Nieznanego żołnierza”.