Wybuch II wojny światowej przekreślił wszelkie dalsze plany artystyczne. Włodzimierz Kugler zostaje wraz z rodziną wysiedlony z majątku w Osieku. Zgromadzone obrazy (kilkadziesiąt sztuk) zostają zarekwirowane i wywiezione przez Niemców. Część obrazów zostało wcześniej ukrytych w pobliskiej gorzelni. W 1943 r. Włodzimierz Kugler zostaje aresztowany przez Gestapo za działalność konspiracyjną i osadzony w obozie w Pomiechówku a potem w Twierdzy Modlińskiej Skazany na obóz w Mauthausen za odmowę podpisania „volkslisty”. Następnie przewieziony wraz z innymi więźniami do Warszawy, do więzienia na Mokotowskiej, gdzie czekał na dalszy transport.
W 1944 r., tuż przed powstaniem warszawskim, w ciężkim stanie zdrowia na skutek tortur w więzieniu, od zaufanego lekarza dostał zastrzyk wywołujący dużą gorączkę i pod pozorem tyfusu został przewieziony do szpitala im. Jana Bożego w Warszawie. Stamtąd został uwolniony przez oddział Armii Krajowej kpt. Ryszarda Białousa ps. „Jerzy” – dzięki kontaktom córki Danuty, żołnierza AK, zaangażowanej w walkę podziemną.
Razem z żoną uzyskują fałszywe dokumenty na nazwisko Kowalscy i uciekają z Warszawy do siostry Melanii zamieszkałej w Katowicach.
Włodzimierz Kugler zmarł 25 maja 1946 r. w Katowicach i tam został pochowany na cmentarzu przy ul.