Od 16 stycznia do 21 listopada 1921 roku pełnił obowiązki prezesa Tymczasowej Komisji Rządzącej Litwy Środkowej, następnie zaś funkcję wiceprezesa Komisji. 1 maja 1922 roku został mianowany członkiem Oficerskiego Trybunału Orzekającego. 26 października 1923 roku Prezydent RP Stanisław Wojciechowski zatwierdził go w stopniu generała dywizjiDziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 70 z 7 listopada 1923 roku, s. 737. P. Stawecki, Słownik biograficzny ..., 225 podał błędnie, że Stefan Mokrzecki został mianowany tytularnym generałem dywizji w 1924 roku.. 31 maja 1925 roku Minister Spraw Wojskowych zwolnił go z czynnej służbyDziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 54 z 17 maja 1925 roku, s. 262.. Mieszkał w WilnieRocznik Oficerski 1928, Ministerstwo Spraw Wojskowych, Warszawa 1928, s. 877.. Był właścicielem folwarku Winkowce. Zmarł 9 kwietnia 1932 w WilnieDziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 10 z 16 sierpnia 1932 roku, s. 370.. 12 kwietnia 1932 roku został pochowany na cmentarzu Bernardyńskim w WilnieNekrolog generała dywizji w stanie spoczynku, obywatela Ziemi Lidzkiej, „Słowo” nr 82 (2889) z 10 kwietnia 1932 roku, s. 3. Walerian Charkiewicz, Ś.p. generał Stefan Mokrzecki, „Słowo” nr 83 (2890) z 12 kwietnia 1932 roku, s. 1. Po zgonie St. Mokrzeckiego.