W żołądku częściowemu strawieniu ulegają także białka – pepsynogen wydzielany przez komórki główne ściany żołądka przekształca się pod wpływem działania kwasu solnego w aktywną pepsynę, która częściowo rozkłada większość białek na krótsze łańcuchy polipeptydowe. Lipaza żołądkowa zapoczątkowuje trawienie tłuszczów, ale tylko zemulgowanych (których źródłem są m.in. jajka i mleko). Brak trawienia tłuszczów jest spowodowany brakiem emulgacji – żółć jest wydzielana dopiero do dwunastnicy.
Jelito cienkie Dalsze trawienie przebiega w jelicie cienkim. Treść pokarmowa jest partiami przekazywana do dwunastnicy. Hormony jelitowe (sekretyna, cholecystokinina) pobudzają wydzielanie żółci, soku jelitowego oraz soku trzustkowego. W jelicie cienkim, a zwłaszcza w dwunastnicy ma miejsce zasadnicze trawienie. Kwaśna treść pokarmowa przechodząca z żołądka jest neutralizowana przez zasadowy sok trzustkowy, w celu umożliwienia działania enzymów: amylazy trzustkowej, chymotrypsyny, trypsyny, lipazy trzustkowej i innych.
Do dwunastnicy wydzielana jest również żółć zawierająca sole żółciowe, których zadaniem jest zemulgowanie tłuszczów, co czyni je bardziej podatnymi na działanie lipazy.