Klub wrócił na wyżyny meksykańskiego futbolu, docierając trzykrotnie do ćwierćfinału i dwukrotnie do półfinału mistrzostw Meksyku. W tym okresie klub zmieniał swoje siedziby – najpierw przeniósł się na stadion Estadio Neza 86, a następnie znów na Estadio Azteca.
300px|right|thumb|Maskotka drużyny Atlante
Do klubu wrócili byli gracze (tym razem w roli szkoleniowców) René Isidoro García i José Guadalupe Cruz, którzy starali się utrzymać ducha i klasę zespołu przez wymieszanie graczy doświadczonych (jak Patricio Galaz, Gustavo Biscayzacú czy Javier Muñoz Mustafá) z młodymi i zadziornymi graczami (Andrés Ugalde, Christian Bermúdez oraz José María Cárdenas). Jednak wciąż poważnym problemem klubu był brak wsparcia ze strony kibiców podczas meczów rozgrywanych na własnym boisku, co wiązało się z faktem, że klub miał teraz bardzo niewielu kibiców, którzy by się z nim identyfikowali. Tych strat nie udało się już odzyskać.
Przeprowadzka na stadion Quintana Roo