Po tym pierwszym tytule w lidze meksykańskiej dominowało kilka innych klubów. Jednak Atlante wciąż się liczył – dotarł do finału pucharu Meksyku oraz wygrał Campeón de Campeones (został tym samym mistrzem mistrzów, czyli wygrał turniej organizowany dla byłych mistrzów Meksyku) we wczesnych latach 50., stając się popularnym klubem wśród klas pracujących. W 1966 roku generał José Manuel Nuñez podjął decyzję o sprzedaży klubu Fernando Gonzálezowi o przydomku „Fernandón”. Po sprzedaży nadeszły dla klubu trudne czasy, których skutkiem był spadek do drugiej ligi w 1976 roku.
Era IMSS Atlante wrócił do pierwszej ligi w sezonie 1977/78. W październiku 1978 roku klub w całości nabyty został przez Instituto Mexicano del Seguro Social (w skrócie IMSS). Nowy właściciel zapowiedział, że jego celem jest stworzenie największego klubu świata z 22 milionami członków z całego kraju.