Pomimo pamiętnego turnieju Invierno w 1996 roku, kiedy Atlante zajął pierwsze miejsce w ogólnej tabeli, klub w ćwierćfinałowych spotkaniach z Toros Neza przegrał bardzo wysoko – 0:4 na wyjeździe i 2:5 u siebie.
Trzeci spadek 300px|right|thumb|Symbol i wieloletni kapitan Atlante, Federico Vilar (w błękitno–czarnej koszulce). W ostatnich latach XX wieku kierownictwo klubu popełniło całą serię błędów. Nieznani i starzy trenerzy (Zlatko Petričević, Ángel Cappa, Roberto Saporiti i Eduardo Rergis) oraz nie najwyższych lotów gracze, jakich sprowadzono do klubu w połączeniu z decyzją o zmianie barw strojów z czerwono-niebieskich na pomarańczowe sprawiły, że coraz mniej kibiców identyfikowało się z klubem. Kibice zaczęli teraz przenosić swoje upodobania do innych, mających większe sukcesy klubów, a mecze z udziałem Atlante odbywały się przy coraz bardziej pustych trybunach. Nudne i brzydkie mecze, mierny poziom graczy, którzy do tego nie wykazywali zaangażowania w grze doprowadziły do zagrożenia kolejnym spadkiem do drugiej ligi (tym razem po reformach była to Primera División A – Segunda División stała się trzecią ligą).