Pierwszy biskup kościoła, Leonard Auala, brał duży udział w walce o niepodległość Namibii. W 1971 roku wspólnie z Paulusem Gowasebem z Zjednoczonego Kościoła Ewangelickiego Misji Reńskiej w Afryce Południowo-Zachodniej (późniejszy Kościół Ewangelicko-Luterański w Republice Namibii) zredagował list do premiera Republiki Południowej Afryki, w którym wyrazili sprzeciw wobec kontynuowania rządów RPA na terenie Namibii i żądanie akceptacji wyroku Międzynarodowego Trybunału Sprawiedliwości o zniesieniu mandatu południowoafrykańskiego i wdrożenie okresu przejściowego do uzyskania pełnej niepodległości przez kraj.
Nazwa kościoła została oficjalnie zmieniona na Kościół Ewangelicko-Luterański w Namibii w 1984 roku.
Następca biskupa, Kleopas Dumeni, również działał na rzecz nagłośnienia losu Namibijczyków pod rządami RPA. Poniósł osobistą stratę, kiedy w 1987 roku jego osiemnastoletnia córka zmarła w wyniku wybuchu bomby.
W 2007 roku wraz z Kościołem Ewangelicko-Luterański w Republice Namibii oraz Kościołem Ewangelicko-Luterańskim w Namibii (niemieckojęzycznym) powołano Zjednoczoną Radę Kościelną: Kościoły Ewangelicko-Luterańskie Namibii, której ostatecznym celem jest połączenie w jeden, narodowy kościół ewangelicki.