Po wszechstronnych dyskusjach wybierano opcję przekładową zdaniem komisji najlepszą, bardzo często własną. Nie uszło to uwagi pierwszych recenzentów Ewangelii Mateusza i Marka, którzy zauważyli, że zawierają one więcej niż połowę materiału leksykalnego całkowicie oryginalnego w stosunku do dotychczasowych polskich przekładów. Stąd nie może być nawet mowy o jakiejkolwiek zależności Biblii Ekumenicznej od któregokolwiek z dotychczasowych tłumaczeń. W kwestiach spornych, gdy nie było możliwe osiągnięcie consensusu, decydowało czasami zwykłe, demokratyczne głosowanie. Każdy tłumacz miał jeden głos, niezależnie od tego, czy reprezentował Kościół duży, czy mały. Praktykę głosowania częściej stosowano na początku całego przedsięwzięcia, później w miarę upływu czasu i dzięki zdobywanemu podczas pracy doświadczeniu uciekano się do niego coraz rzadziej, w końcu zaś już tylko wyjątkowo. Starano się raczej wzajemnie przekonywać i ważyć racje jedynie przy pomocy argumentów. Spory niejednokrotnie bywały długie i burzliwe.