Franciszek Malczyński (ur. 29 grudnia 1829 w Gołębiu, powiat Hrubieszów, zm. 21 kwietnia 1908) – polski duchowny katolicki, biskup rzymskokatolickiej diecezji Alessio w Imperium Osmańskim (obecnie Lezha w Albanii).
Życiorys Był synem Michała (proboszcza unickiego w Gołębiu w l. 1830–1865) i Marianny Kalinowskiej (pochodzącej z polskiej rodziny szlacheckiej obrządku unickiego). Ukończył szkołę powiatową w Hrubieszowie. W 1847 rozpoczął studia w unickim seminarium duchownym w Chełmie. W 1853 odmówił wyjazdu na studia w prawosławnej akademii duchownej w Kijowie i jego dalsza nauka i przyszłość duchowna stanęły pod znakiem zapytania. Dzięki wsparciu łacińskiego arcybiskupa lwowskiego Łukasza Baranieckiego mógł wyjechać do Rzymu, gdzie ukończył . W 1860 przyjął święcenia kapłańskie.
Pracował m.in. jako profesor seminarium w Chorwacji. Po wyjeździe Josifa Sokołskiego do Rosji (1861) został przez Stolicę Apostolską mianowany zwierzchnikiem bułgarskiego Kościoła unickiego (jako protosyncel – kościelny przełożony wspólnoty, obok przywódcy cywilnego: archimandryty ). Ta nieuzgodniona nominacja Polaka spotkała się jednak z niechęcią ludności bułgarskiej poszukującej jedności z Rzymem. W 1865 r. na czele stanął oficjalnie nowy biskup .