W 2000 roku Sąd Okręgowy w Zamościu skazał go na najwyższą karę. Sąd Apelacyjny w Lublinie również go podtrzymał, uzasadniając faktem, iż Sowiński stanowi zagrożenie dla otoczenia. Rok później na skutek kasacji Sowińskiego, Sąd Najwyższy uchylił wyrok i przekazał go do ponownego rozpoznania. W 2002 roku Sąd Okręgowy w Zamościu wymierzył mu karę dożywotniego pozbawienia wolności z możliwością warunkowego przedterminowego zwolnienia po odbyciu 50 lat kary. W 2003 roku Sąd Apelacyjny w Lublinie ostatecznie utrzymał wyrok w mocy.
Odbywanie kary Sowiński odbywa karę w Zakładzie Karnym Rzeszów-Załęże, w celi jednoosobowej na oddziale terapeutycznym. Kilkukrotnie składał w trakcie kary pozwy do sądu: przeciwko ojcu jednej z jego ofiar, który zaatakował go siekierą gdy był prowadzony na salę rozpraw, od którego żądał 13 tysięcy złotych odszkodowania za „obrażenia i straty moralne”, przeciwko dwóm policjantom, którzy go wtedy eskortowali – żądał od nich po 80 tysięcy złotych za to, że „nie zapewnili mu odpowiedniej ochrony”, oraz 360 zł za „zniszczoną odzież”, w innej sprawie – przeciwko Prokuratorowi Okręgowemu w Zamościu, od którego żądał 500 tysięcy złotych odszkodowania za to, że „prokurator miał być nieuprzejmy i nie zezwolić na dokładne zapoznanie się z aktami sprawy”, zaś ostatnie powództwo Sowiński wytoczył w 2010 roku