Pierwsi zakonnicy przybyli do Henrykowa 28 maja 1227. Było to dziewięciu mnichów z Lubiąża na czele z opatem Henrykiem. W 1228 wydany został dokument lokacyjny klasztoru, definiujący jednocześnie jego uposażenie. Nie było ono zbyt okazałe w porównaniu z innymi opactwami. W 1228 konsekrowano pierwszy, drewniany kościół klasztorny. Mimo skromnego uposażenia klasztor rozwijał się dość dynamicznie, powiększając stan swojego posiadania. Rozwój ten został przerwany przez najazd mongolski w 1241, kiedy to kościół i klasztor zostały spalone i splądrowane. Dodatkowo sytuację klasztoru pogorszyła śmierć pod Legnicą księcia Henryka Pobożnego.
Po najeździe mongolskim cystersi skupili się na odbudowie swojego klasztoru oraz odzyskaniu dóbr. W celu uporządkowania stanu klasztoru opat Piotr spisał pod nazwą Liber fundationis claustri Sancte Marie Virginis in Henrichow dokument porządkujący sprawy klasztoru. Dokument ten zwany Księgą henrykowską jest jednym z najcenniejszych zabytków piśmiennictwa polskiego – zawiera pierwsze zdanie zapisane w dokumentach w języku polskim.