W ostatnim przedwojennym rozkładzie jazdy PKP, wydanym 15 maja 1939 roku, linia ta w ogóle nie figuruje, co sugeruje, że przewozy pasażerskie zostały zawieszone. thumb|left|Pozostałość jednego z nasypów kolejowych w Składnicy Amunicji w Palmirach W czasie oblężenia Warszawy we wrześniu 1939 roku linia była intensywnie wykorzystywana do transportu amunicji z wojskowych składów w Palmirach dla walczącej Warszawy. Za jej pomocą od 9 do 18 września do stolicy przewieziono z Palmir ok. 100 wagonów amunicji.

Po kapitulacji Warszawy ruch najprawdopodobniej nie został wznowiony. Pojawiają się relacje, że linia miała służyć do wywozu ludzi następnie rozstrzeliwanych w Palmirach – oficjalnie transport odbywał się jedynie ciężarówkami. Linia została w dużym stopniu rozebrana przez Niemców w 1943 roku. Z uwagi na swoje położenie z daleka od miejsc gęsto zamieszkanych, nie odbudowano jej w okresie powojennym. W związku z ogólną sytuacją gospodarczą nie planowano zakładania miast-ogrodów, a w szczególności z użyciem kapitału prywatnego. Pozostałości po linii usunięto wkrótce po wojnie, a ostatnie jej fragmenty znajdowały się jeszcze w latach 50. XX wieku w rejonie ul. Włościańskiej.