W szóstym tygodniu 225-tysięczna cyfrowa sprzedaż spowodowała, że singel przesunął się na drugą pozycję. Natomiast w siódmym tygodniu dotarł do szczytu notowania Billboard Hot 100, sprzedając się w 237 000 cyfrowych kopii. Tym samym „Stronger (What Doesn’t Kill You)” stał się trzecim numerem jeden piosenkarki w Stanach Zjednoczonych, po „A Moment Like This” i „My Life Would Suck Without You”. Po dwóch tygodniach spędzonych na pozycji pierwszej singel spadł na czwarte miejsce. W tym samym tygodniu stał się pierwszą piosenką Clarkson w Hot Dance Club Songs. Dzięki temu Clarkson stała się pierwszą artystką, której singel numer jeden w Hot 100, był także notowany na podium w innych listach sporządzanych przez Billboard. W następnym tygodniu singel znów trafił na szczyt notowania Billboard Hot 100, pokonując singel Katy Perry „Part of Me”. Trzeci tydzień na pierwszym miejscu na liście Billboard Hot 100 spowodował, że piosenkarka stała się najdłużej panującym idolem w historii trwania tego programu. 20 marca „Stronger (What Doesn’t Kill You)”, docierając do pierwszej pozycji w Pop Songs, stał się czwartym numerem jeden Kelly na tej liście przebojów.